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Nació en Maguncia-Finthen el 31 de diciembre de 1947, actualmente es prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe y Presidente de la Pontificia Comisión «Ecclesia Dei», de la Comisión Teológica Internacional y de la Pontificia Comisión Bíblica.

Estudió teología y filosofía en la Universidad de Maguncia. Fue ordenado sacerdote el 11 de febrero de 1978 por el Cardenal Hermann Volk, en Mainz-Finthen. Fue enviado de párroco a Klein-Krotzenburg, Burstad-St. Michael, Offenbach-St.Josef y como profesor de instituto de Büdingen y Nidda. En 1985 presentó la tesis «Comunión y veneración de los Santos. Fundamentación histórico-sintética de la hagiología»

Otros cargos.

• 1986. Ocupó la Cátedra de Dogmática católica de la Universidad de Ludwig-Maximilian en Munich.
• 1990. Miembro de la Comisión para la doctrina de la fe de la Conferencia Episcopal Alemana.
• 1998. Miembro de la Comisión Teológica Internacional.
• 1999. Perito de la segunda Asamblea general para Europa del sínodo de los obispos celebrado en el Vaticano.
• 2001. Consultor teológico en la X Asamblea general ordinaria del Sínodo de los Obispos.
• 2002. Obispo de Ratisbona. Escoge como lema de su pontificado «Dominus Iesus»
• 2005. Padre Sinodal en la XI Asamblea general ordinaria del Sínodo de los Obispos.

En 2008 fundó el Instituto Papa Benedicto XVI. Tiene su sede en Ratisbona. El encargo principal de este instituto es la publicaciones en 16 volúmenes de la Opera omnia de Joseph Ratzinger. El Obispo Müller fue encargado personalmente por el Papa Benedicto XVI de la edición.

Cuando era estudiante Mons. Müller pudo leer “Introducción al cristianismo” de Joseph Ratzinger, publicado en 1968. “En aquellos años” dijo Müller, “en los seminarios había incertidumbre. En el libro la profesión de fe de la Iglesia se expone de modo convincente, analizada con la ayuda de la razón y explicada con maestría. Se trata de un tema importante que caracteriza toda la obra teológica de Joseph Ratzinger: fides et ratio, fe y razón”. Sobre el Cardenal Ratzinger dijo:  “En mi empeño como profesor y como obispo fue para mí un apoyo y un punto de referencia claro. Le definiría un amigo paterno, al ser una generación mayor que la mía”.

El 2 de julio de 2012 fue nombrado por el Santo Padre Benedicto XVI Prefecto de la Congregación para la Doctrina de la Fe y Presidente de la Pontificia Comisión “Ecclesia Dei”, de la Comisión Teológica Internacional y de la Pontificia Comisión Bíblica. Sucedía al cardenal Levada que a su vez había sucedido al cardenal Ratzinger, al ser nombrado Papa en 2005.

Sobre su nuevo cargo decía: “la Congregación para la doctrina de la fe tiene la responsabilidad de aquello que interesa a toda la Iglesia en profundidad: la fe que nos conduce a la salvación y a la comunión con Dios y entre nosotros” y añadió “la Congregación debe, ante todo, promover y hacer comprensible la fe, y es éste el factor decisivo. A ello se añade después el hecho de que la fe debe ser defendida contra errores y desvalorizaciones”.

Declaraciones.

Lefebvre.

“a los obispos (los cuatro ordenados por Lefebvre, quien falleció excomulgado) se les levantó la excomunión canónica por las ordenaciones ilícitas, pero queda la sacramental, de facto, por el cisma: se han alejado de la comunión con la Iglesia”.

«no cerramos nunca la puerta y los invitamos a reconciliarse. Pero ellos deben cambiar su actitud, aceptar las condiciones de la Iglesia Católica y al Sumo Pontífice como criterio definitivo de pertenencia”

Conferencias Episcopales.

“El Pontífice romano y los obispos son de derecho divino, instituidos por Jesucristo. También la colegialidad y la colaboración entre los obispos, cum Petro y sub Petro (con Pedro y bajo Pedro), tienen aquí su fundamento. Pero los patriarcados y las conferencias episcopales, históricamente y hoy, pertenecen solo al derecho eclesiástico, humano. Los presidentes de las conferencias episcopales, muy importantes, son coordinadores, nada más, ¡no son vicepapas!”.

 Papa Francisco. 

“Nosotros los teólogos corremos el riesgo siempre de cerrarnos en el mundo de la reflexión académica. Pero Francisco no va a otra parte: combina la ternura del pastor y la ortodoxia, que no es una ortodoxia cualquiera, sino la recta doctrina expresada en la plenitud de la Revelación. El primer custodio de la fe es Pedro y su sucesor como Obispo de Roma”.

Matrimonio. 

«la Iglesia reconoce que sólo el matrimonio entre un hombre y una mujer bautizados es un sacramento en sentido real, y que sólo a éstos se aplica la indisolubilidad en modo incondicional«.

«la mentalidad actual contradice la comprensión cristiana del matrimonio especialmente en lo relativo a la indisolubilidad y la apertura a la vida. Puesto que muchos cristianos están influido por este contexto cultural, en nuestros días, los matrimonios están más expuestos a la invalidez que en el pasado. En efecto, falta la voluntad de casarse según el sentido de la doctrina matrimonial católica y se ha reducido la pertenencia a un contexto vital de fe. Por esto, la comprobación de la validez del matrimonio es importante y puede conducir a una solución de estos problemas«.

«si el matrimonio precedente de unos fieles divorciados y vueltos a casar era válido, en ninguna circunstancia su nueva unión puede considerarse conforme al derecho; por tanto, por motivos intrínsecos, es imposible que reciban los Sacramentos. La conciencia de cada uno está vinculada, sin excepción, a esta norma«.

Teología de la liberación.

«Pero he podido constatar que es necesario distinguir entre una teología de la liberación equivocada y una correcta. Considero que toda buena teología tiene que ver con la libertad y la alegría de los hijos de Dios. Indudablemente, sin embargo, una mezcla de la doctrina de una auto-redención marxista y la salvación donada por Dios, debe ser rechazada«.

Publicaciones. 

• (Hrsg.) Joseph Ratzinger. Gesammelte Schriften. (18 Bde.) Freiburg i. Br. 2008 ff.
• Katholische Dogmatik. Für Studium und Praxis der Theologie. 7. Auflage. 2007 (auch spanisch, italienisch, ungarisch, chinesisch). 
• (Hrsg.) Der Glaube ist einfach. Aspekte der Theologie Papst Benedikts XVI. Regensburg 2007.
• Jesus ist der Herr – Predigten und Ansprachen. 2007, ISBN 3-7954-2063-6. 
• Gott und seine Geschichte. Ein Gespräch über die Bibel. Freiburg 2005. 
• Die Messe: Quelle christlichen Lebens. Regensburg, ISBN 3-929246-90-2.
• Vom Vater gesandt. Impulse einer inkarnatorischen Christologie für Gottesfrage und Menschenbild. Regensburg 2005, ISBN 978-3-7917-1957-3. 
• Gustavo Gutiérrez y Gerhard Ludwig Müller. An der Seite der Armen: Theologie der Befreiung. Sankt-Ulrich-Verlag. ISBN 3936484406. 
• John Henry Newman begegnen. Regensburg 2000, ISBN 3-929246-54-6. 
• Bonhoeffers Theologie der Sakramente. Frankfurt 1979.

Será creado cardenal por el Santo Padre Francisco el 22 de febrero de 2014.